安徽省机电排灌总站属全民事业单位，隶属省水利厅领导，正处级建制，始建于1961年7月，当时为省水电厅机械排灌局，1964年2月撤销排灌局，成立安徽省机电排灌管理总站。1967年，由于“文化大革命”影响，排灌管理总站自行解散。1980年元月，省编委以编字(80)第007号文批准恢复“安徽省机电排灌总站”。现内设办公室、组织人事科、财务科、机电工程科、技术科、机械排灌队共6个职能科室。